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Der Southern Blot dient der Übertragung von DNA aus einem Agarosegel auf Nylonmembranen, auf welchem weitere Analysemethoden möglich sind.

Für einen Southern Blot mit genomischer DNA wird das zu transferierende Gel 2x für 10min. in 0,2M HCl gebadet, um einen gleichmäßigen Transfer von unterschiedlich großen DNA-Fragmenten zu gewährleisten (DNA wird durch HCl depuriniert, um anschließend mit NaOH denaturiert werden zu können).

Die DNA bzw. das Gel wird daraufhin 3x für 15min. in eine 0,5M NaOH-Denaturierungslösung gebracht, wodurch die dsDNA zu ssDNA denaturiert wird. Reste der Denaturierungslösung werden mit dH2O abgewaschen. Das Gel wird nun zur Neutralisation 3 mal für 20min. in Neutralisierungslösung gebracht und dann mit dH2O abgespült. Zuletzt wird das Gel zum äquilibrieren 1x für 10min. in 10x SSPE getaucht.

Der Blot für den Kapillartransfer wird dann folgendermaßen aufgebaut:

 

Während des Transfers wird der Puffer durch das Gel in das trockene Filterpapier gesaugt und nimmt die DNA aus dem Gel mit, die auf ihrem Weg nach oben aber durch den Nylonfilter zurückgehalten wird, und somit daran haften bleibt.

Nach dem Transfer, der über Nacht erfolgt, wird die Nylonmembran mindestens 30min auf einem Whatmanpaper getrocknet, und dann für 30sek. von beiden Seiten mit UV-Licht von 80000µJ bestrahlt (Cross-linking), wodurch die DNA kovalent an die Membran gebunden wird. Zur besseren Fixierung der DNA auf der Membran wird der Filter noch 30min. bei 80°C gebacken.

Danach kann die Hybridisierung mit den entsprechenden Sonden bzw. Transkripten erfolgen.